Selasa, 12 November 2013

Apa itu struktur sekunder protein

Dalam rantai protein yang panjang, terdapat wilayah di mana rantai akan disusun dalam struktur teratur yang dikenal sebagai alpha-heliks (alpha-helixes) dan beta-lipit lembar. Ini adalah struktur sekunder protein.
Struktur sekunder yang diselenggarakan bersama oleh ikatan hidrogen. Ini bentuk seperti yang ditunjukkan dalam diagram antara salah satu pasangan elektron bebas pada atom oksigen dan hidrogen yang terikat pada atom nitrogen:

Meskipun ikatan hidrogen selalu antara C = O dan kelompok HN, pola yang tepat dari mereka berbeda dalam helix alpha-dan selembar beta-lipit. Saat Anda masuk ke mereka di bawah ini, luangkan waktu untuk memastikan Anda melihat bagaimana dua karya yang berbeda pengaturan.

Penting: Jika Anda tidak senang dengan ikatan hidrogen dan tidak yakin tentang apa diagram ini berarti, ikuti link ini sebelum Anda pergi. Berikut ini adalah cukup sulit untuk memvisualisasikan pula tanpa harus khawatir tentang apa ikatan hidrogen yang juga!

Anda juga harus mencari tahu berapa banyak detail yang perlu Anda ketahui tentang bit berikutnya. Ini juga mungkin bahwa semua yang Anda butuhkan adalah untuk mendengar dari helix alpha-dan tahu bahwa itu diselenggarakan bersama oleh ikatan hidrogen antara C = O dan kelompok NH. Sekali lagi, Anda perlu memeriksa silabus pengajaran dan masa lalu - terutama skema mark untuk kertas masa lalu.

Jika Anda mengikuti salah satu dari link ini, gunakan tombol BACK pada browser Anda untuk kembali ke halaman ini.

Alpha-helix
Dalam sebuah helix alpha-, rantai protein melingkar seperti semi-melingkar longgar. The "alpha" berarti bahwa jika Anda melihat di sepanjang musim semi, melingkar yang terjadi searah jarum jam saat berjalan menjauh dari Anda.

Catatan: Jika imajinasi visual Anda sebagai harapan sebagai tambang, satu-satunya cara untuk benar-benar memahami hal ini adalah untuk mendapatkan sedikit kawat dan coil menjadi bentuk semi. Memimpin pada mouse komputer Anda baik-baik saja untuk melakukan hal ini!

Diagram selanjutnya menunjukkan bagaimana alpha-helix yang diselenggarakan bersama oleh ikatan hidrogen. Ini adalah diagram yang sangat disederhanakan, kehilangan banyak atom. Kita akan membicarakannya melalui dalam beberapa detail setelah Anda telah melihat hal itu.

Pertama-tama, hanya atom pada bagian kumparan menghadap Anda akan ditampilkan. Jika Anda mencoba untuk menampilkan semua atom, semuanya menjadi terlalu rumit bahwa hal itu hampir tidak mungkin untuk memahami apa yang sedang terjadi.

Kedua, saya telah membuat tidak berusaha apapun untuk mendapatkan sudut ikatan yang tepat. Saya telah sengaja ditarik seluruh obligasi dalam tulang punggung rantai seolah-olah mereka berada di sepanjang spiral. Sebenarnya mereka tetap keluar seluruh tempat. Sekali lagi, jika Anda menggambar dengan benar maka hampir tidak mungkin untuk melihat spiral.

Perhatikan susunan teratur dari ikatan hidrogen. Semua kelompok NH yang mengarah ke atas, dan semua C = O kelompok mengarah ke bawah. Masing-masing terlibat dalam ikatan hidrogen.

Dan akhirnya, meskipun Anda tidak bisa melihatnya dari diagram ini tidak lengkap, setiap giliran lengkap spiral memiliki 3,6 (sekitar) residu asam amino di dalamnya.

Jika Anda memiliki sejumlah seluruh residu asam amino per giliran, setiap kelompok akan memiliki kelompok yang sama di bawahnya pada gilirannya bawah. Ikatan hidrogen tidak dapat terjadi dalam situasi.
Gilirannya masing-masing memiliki 3 residu asam amino lengkap dan dua atom dari yang berikutnya. Itu berarti bahwa setiap giliran offset dari yang di atas dan di bawah, sehingga NH dan C = O kelompok dibawa ke sejalan satu sama lain.

Beta-lipit lembar
Dalam lembaran beta-lipit, rantai dilipat sehingga terbaring berdampingan satu sama lain. Diagram selanjutnya menunjukkan apa yang dikenal sebagai lembar "anti-paralel". Semua itu artinya bahwa sebelah rantai yang menuju arah yang berlawanan. Mengingat cara ini lipat tertentu terjadi, yang tampaknya akan menjadi tak terelakkan.

Hal ini tidak, pada kenyataannya, tak terelakkan! Hal ini dimungkinkan untuk memiliki beberapa lipat jauh lebih rumit sehingga sebelah rantai sebenarnya menuju ke arah yang sama. Kami mendapatkan jauh melampaui tuntutan Inggris Sebuah kimia tingkat (dan setara kas) sekarang.
Rantai dilipat sekali lagi disatukan oleh ikatan hidrogen yang melibatkan persis kelompok yang sama seperti dalam helix alpha-.

Catatan: Perhatikan bahwa tidak ada alasan mengapa lembaran harus dibuat dari empat bit rantai dilipat bersama satu sama lain seperti yang ditunjukkan dalam diagram ini. Itu adalah pilihan yang sewenang-wenang yang menghasilkan diagram yang dilengkapi dengan baik di layar!